En 1185, en época del rey de Castilla Alfonso VI, se reconquista Toledo, la antigua capital del reino visigodo, desaparecido tras la invasión islámica del 711. Junto al rey, llegan a Toledo los monjes cluniacenses que impondría el rito romano a una población cristiana acostumbrada al rito mozárabe (los mozárabes eran los cristianos que se habían quedado en territorio islámico, siendo la comunidad mozárabe más importante la de Toledo).
Alfonso VI nombró arzobispo de Toledo a Don Bernardo de Sedirac, que había llegado a la ciudad acompañado de otros muchos eclesiásticos franceses. Entre ellos el futuro obispo de Sigüenza, Don Bernardo de Agén.
Las conquistas del rey Alfonso VI se vieron muy pronto comprometidas por la llegada de los almorávides. Tan sólo un año después de la capitulación de Toledo, se produjo la derrota de las tropas cristianas en Zalaca. En la batalla de Uclés, murió el heredero de Alfonso y durante unos años las tropas almorávides dominaron la situación, aprovechándose de los problemas internos del reino castellano producidos por las desavenencias de Doña Urraca, hija de Alfonso VI, y su marido, Alfonso I el Batallador, rey de Aragón, lo que condicionaba la falta de un frente común cristiano contra la amenaza musulmana.
En un primer momento, el matrimonio entre Urraca y Alfonso I de Aragón se vio como una magnífica oportunidad de unificación entre Castilla y Aragón, pero sus desavenencias motivaron su ruptura. En 1114 Urraca fue repudiada por su marido y perdió gran parte de sus tierras. También vio como parte de la nobleza castellana y el alto clero apoyaban como rey de Castilla y de León a su hijo, el futuro Alfonso VII
En 1118 la reconquista de Alcalá por el arzobispo de Toledo y la toma de Zaragoza por Alfonso I el Batallador, y con ella de su reino, motivaron una crisis del prestigio de los almorávides. En Castilla esta conquista fue el acicate para que el futuro rey, Alfonso VII, hijo de la reina Urraca, quisiera recuperar todas las tierras que en su momento conquistó su abuelo Alfonso VI y frenar el avance de la reconquista de Alfonso I, que en poco tiempo había conquistado Calatayud, Medinaceli y Atienza.
Para lograrlo se apoyó en el arzobispo de Toledo, quien restauró algunas antiguas sedes episcopales castellanas, aún en manos musulmanas, encargando a sus nuevos obispos la tarea de reconquistarlas.
Este fue el caso de la antigua sede episcopal de Sigüenza. En 1121 el arzobispo toledano nombró a D. Bernardo de Agén como su nuevo obispo. Esta sede episcopal estaba en el punto de mira del Batallador, pues necesitaba asegurar su retaguardia para ocuparse de la conquista de Lérida. En 1122 el arzobispo de Toledo llegó a un acuerdo con el rey aragonés, por el cual se decidía que el nuevo obispo seguntino, Bernardo de Agén, sería el que conquistase para Castilla la ciudad de Sigüenza y de ese modo Alfonso I quedaría con las manos libres y la retaguardia asegurada para emprender la conquista de Lérida.
Y así ocurrió. El 22 de enero de 1124 D. Bernardo reconquistó con tropas castellanas la alcazaba seguntina. En aquellos momentos la antigua ciudad episcopal estaba dividida en dos núcleos de población, dos aldeas separadas por unos setecientos metros. Una, llamada en la documentación coetánea, Segontia inferior, estaba ubicada en el valle, junto al río Henares, alrededor de la antigua catedral, que pronto será reedificada por su nuevo obispo (en su solar se levanta hoy en día la iglesia del convento de Clarisas, en la Alameda). La otra aldea, denominada Segontia superior, dispuesta en torno a la alcazaba islámica, que estaba ubicada en lo alto del cerro desde donde domina la población del valle.
Tras la Reconquista, la Segontia superior pasaría a manos del rey Alfonso VII y la Segontia inferior fue concedida en señorío al nuevo obispo y a su Cabildo. Pronto se reedificó la antigua catedral y la ciudad del valle fue protegida por murallas, instalándose en ella junto a su cabildo reglar. Sólo unos años más tarde el obispo y su Cabildo recibirían de manos del rey Alfonso VII el señorío de la Segontia superior y la orden de que ambas Segontias fuesen una sola ciudad.
Fue entonces cuando, siendo obispo D Pedro de Leucata, sobrino de D. Bernardo, se alzó un amplio recinto en torno a la Segontia superior, se abandonó la Segontia inferior y se inició la construcción de la nueva catedral y de las dos iglesias parroquiales de la ciudad, una dedicada a Santiago, en la calle Mayor y otra a San Vicente en la Travesaña Alta, en recuerdo de su santo patrón.
Sobre este tema se puede consultar mis artículos: “Los obispos aquitanos en los primeros siglos de la reconquista castellana (su relación con la diócesis de Sigüenza”, Anales Seguntinos, nº 1 (1984), pp. 21-30 y “Desarrollo urbanístico de Sigüenza (siglo XII y primera mitad del XIII)”, Anales Seguntinos nº 7 (1991), pp. 195-253 y de también el artículo de Adrián Blázquez Garbajosa, “La reconquista de Sigüenza y su significación geopolítica y regional, en Wad-al-Hayara, 12 (1985), pp. 35-42.
Pilar Martínez Taboada, cronista oficial de Sigüenza